در ماه فروردین سال 798 شمسی جنگهای خانوادگی سادات از سر گرفته شد سید مرتضی حاکم ساری برای سرکوب سید نصیرالدین که از قتل برادر خود سید غیاث الدین سرباز زده بود لشکر کشید و سید نصیر هم عده ای را در اطرافش جمع کرد و نتیجه اش قتل عده ای از مردم مازندران و شکست سید نصیر  ، " و از طرفین جمعی به قتل آمدند . و مبارزان در میدان شجاعت هز سو می تاختند و به تیر و شمشیر و گرز گران دست یازی ها  و سر اندازیها میکردند "(ص 272 ) .
ولی کار سید نصیر تمام نشد بناچار با تعقیب برادرزاده اش سید مرتضی مواجه شد و در جنگی در بابل کنار بابل جنگ در گرفت و سید نصیر دوباره شکست خورد و سادات حاکم آمل به بهانه داشتن بیعت با حاکم ساری که خود سید نصیر اساس بیعت را گذاشته بود به او پناه ندادند  .
سید نصیر پس از دو شکست دست به کار ناجوانمردانه ای زد چون به هرات رفت و از حاکمان سنی مذهب تیموری برای شکست سادات علوی خانواده اش کمک خواست .
سید نصیر برای جلب کمک تیموریان مازندران را زیر بار تعهداتی سنگین برد " هر سال چهل خروار ابریشم سرخ و سفید به وزن استرآباد ، هر خرواری چهل من ، به دیوان اعلی جواب گوید و ده خروار جهت امرای دولت ارسال دارد " ( ص 273 ) همچنین اگر تیموریان  به جنگ سایر نقاط ایران میروند 600 نفر لشکر و 600 خروار شتری غله به آدمکشان تیموری برساند  .
با این تعهد سید نصیر لشکر تیموریان راهی مازندران شدند ولی سید مرتضی مقدار تعهد را بالا برد و " آنچه او قبول کرده ، ده خروار اضافه میرسانم و...... " با چنین وضعی حکومت مازندران بین سادات به " مزایده " گذاشته شد ولی سید نصیر متوجه شد و شبانه از لشکر تیموریان گریخت و اعتراف کرد " آنچه کردیم بد بود . نمی بایست این بدعت در مازندران پیدا کردن "( ص 274 ) با این شرح نتیجه بالارفتن مقدار مالیات سالا نه ای بود که باید مردم مازندران می پرداختند .
شایعاتی مبنی بر اختلاف سادات حاکم بر ساری و آمل به گوش سید نصیر رسید و او با عجله به منطقه لپور آمد ولی اختلاف سادات حاکم حل شده بود و دو حاکم به جنگ لشکر محدود سید نصیر آمدند و مثل همیشه سید نصیر شکست خورد " و این نوبت بسیاری از مردمان مازندران به قتل آمدند و از نامداران لشکر آمل بعضی مقتول شدند " (ص276)
جنگهای به نتیجه و بی دلیل سید نصیر با این شکست موقتا تمام شد و سید نصیر راهی گیلان شد و به سادات کیایی پناهنده شد ولی هنوز در گیلان مستقر نشده بود که خبر دادند بین سادات ساری و آمل جنگ در گرفته است و حاکم آمل آواره شده است و سید نصیر دوباره راهی مازندران شد .
این بار جنگ با سید مرتضی حاکم ساری در فریدون کنار انجام شد " و محاربه عظیم دست داد ، و از جانبین جمع کثیری به قتل آمدند و قتال وجدال درجه علیا یافت " (ص 281) ولی باز هم سید نصیر و سید علی آملی شکست خوردند و با هم به سادات گیلان پناهنده شدند .
سید علی آملی برای آخرین بار در شهریور ماه سال 801 شمسی به آمل هجوم برد و نتیجه نگرفت و مجروح و تیر خورده به تنکابن گیلان رسید و در حال نماز از دنیا رفت  و پس از دو سال استخوانهایش را به آمل بردند و در بقعه میر بزرگ دفن کردند .