تیمور به ساری آمد و از حرص سیری ناپذیرش هر چیز با ارزش را توانست بدست آورد و " بعد از آن صاحبقران کامکار ، ساری و آمل را غارت و تالان فرمود و قتل و عام نمود ، و چنان ساخت که در تمامی ممالک مازندران خروسی و ماکیانی نماند که بانگ کند و بیضه نهد " (ص 237) .

نتیجه هجوم آدمکشان تیموری به مازندران خلع حکومت سادات و ویران کردن و کشتار بیرحمانه مردم مازندران و در نهایت سادات را سوار کشتی کردند و سادات را هم از هم  جدا در مناطقی از ماوراالنهر از سمرقند و سیران و اترار و خوارزم و ... جای دادند و بدین صورت حکومت سادات بر مازندران بطور موقت پایان یافت .

پس از تیمور قحطی به مازندران رسید و و از گیلان غله به مازندران میبردند و علاوه بر تیموریان ، اسکندر شیخی به حکومت آمل رسید که اولین کارش نبش قبر سید قوام الدین میر بزرگ بود و بارگاه را تخریب کرد .

شانس دوباره به سادات رو کرد چون وقتی تیمور در سال 779 شمسی برای تصرف آذربایجان و ترکیه و شام حرکت کرد و اسکندر شیخی همراه او بود بعد از پیروزی اسکندر شیخی را مرخص کرد و او هنوز به مازندران نرسیده بود که بنای طغیان علیه تیمور را گذاشت و همه نقشه های تیمور برای دستگیری او شکست خورد و سپاه تیمور برای دستگیری یا قتل او تا تنکابن که در اختیار سید هادی کیا پسر امیر کیای ملاطی و برادر سید علی کیا حاکمان مقتدر شرق گیلان بود آمدند ودر نهایت اسکند شیخی دو فرزند خردسال و زنش را کشت و خود کشته شد و سرش را برای تیمور فرستادند .

از آنجا که دو نفر از پسران سید کمال الدین بنامهای سید علی و سید غیاث الدین همرا سپاه تیمور بودند حکومت آمل آمل را به سید علی دادند و این یعنی 782 شمسی سادات پس از 10 سال دوری از قدرت دوباره به حکومت نشستند ولی سید کمال الدین حاکم مازندران چهار سال قبل در کاشغر و در تبعید از دنیا رفته بود و همچنین از تمام پسران سید قوام الدین اعم از سید فخرالدین و سید رضی الدین کسی باقی نمانده بود و نسل بعد آنها یعنی فرزندانشان آماده ستیز برای حکومت بودند  .

در سال 781 شمسی تیمور مرد و سراسر قلمرو حکومتی او دچار هرج و مرج شد و سادات تبعیدی از هر جایی راهی مازندران شدند و قبل از آمدن به مازندران به هرات رفتند و از شاهرخ حکم حکومت ساری را هم گرفتند و در حالی که حتی هزینه های آمدن تا مازندران را نداشتند با قرض کردن و صد بد بختی خودشان را به استراباد  رساندند  که حاکم استراباد آنها را دستگیر کرد ولی قیام مردم مازندران و قتل حاکم تیموری ساری ، حاکم استراباد را پشیمان کرد و سادات آزاد شدند و به ساری آمدند و این در سال 783 شمسی بود .