با تصرف آمل سید علی ساری به فکر جلب رضایت شاهرخ در هرات افتاد و سید نصیرالدین پدر نوسنده کتاب تاریخ طبرستان را به هرات فرستاد تا شاید بتواند از دادن خراج سالیانه خلاص شود ولی دربار هرات نپذیرفت .

اهالی دربار هرات که به یاد داشتند تیمور از جنگ مازندران غنائم بسیار بدست آورده بود مجددا همان توهم در سرشان بود ، نصیرالدین را نگه داشتند و نماینده ای به ساری فرستادند .

نماینده دربار هرات را  در ساری به فلک بستند و با بد رفتاری تمام به هرات پس فرستادند .

تیموریان با دیدن وضع موجود بدون معطلی با سپاهی بزرگ بطرف مازندران آمدند و به گنبد کاووس رسیدند ولی بحران در سمرقند از امدادهای غیبی بود که به کمک سادات آمد ناچار سید مرتضی پسر سید علی ساری را بعنوان نماینده سادات پذیرفتند و این سید هم چیزی برای تقدیم نداشت " توقع چنان است که چون عنایت کرده مازندران را به سادات ستم دیده بخشیده اند به دستور سابق سلوک فرمایند ، و به پیشکش و سلامی آخر کرده ، دیگر چیزی توقع ندارند ، و اگر توقع دارند همان سمرقند و کاشقر و اترار و آن نواحی برجاست احتیاج به لشکر آوردن نیست . خود به خدمت می رسیم تا هر اشارت که باشد ، به تقدیم رسانند " (ص262)

با این پیام روشن سادات جایی برای چانه زدن نماند و شاهرخ موضوع را تمام شده دانست و سید نصیر را آزاد کرد و موضوع در فروردین ماه سال 792 شمسی پایان یافت .

سید علی آملی که به سادات کیایی گیلان پناهنده شده بود و مترصد فرصت بود از بیماری سید علی ساری و اختلاف حاکم نوشهر و سید قوام الدین استفاده کرد و با کمک سپاه حاکم نوشهر ، آمل را تصرف کرد و تصرف و در آینده  فرار سید علی آمل و سید قوام الدین بارها تکرار شد .

دستور سید علی ساری به برادرش سید غیاث الدین حاکم بابل برای بیرون راندن سید علی آملی با حرکات منافقانه سید غیاث الدین روبرو شد " جواب بفرستاد که : شما بیمارید و ملک گیومرث سید علی را معاون است ، و سید قوام الدین قابل آن نیست که با وجود سید علی تواند به آمل نشستن ، اولی آن است که با سید علی صلح بکنید " (ص263)

ناچارا با حاکم یاغی آمل صلح کردند و سادات آرام گرفتند .

مدتی بعد حال سید علی ساری خوب شد و به طلب حاکم آمل فرستاد و او هم فرار کرد و سید قوام الدین دوباره حاکم آمل شد .

سید علی آملی فراری به تنکابن که در قلمرو گیلان بود آمد و منتظر نشست و کماکان به توطئه مشغول شد .

شش ماه بعد دوباره بیماری به سراغ حاکم ساری آمد و سید علی آمل از فرصت کرد و فقط با 50 نفر راهی  آمل شد و هنوز فرسنگها با آمل فاصله داشت که سید قوام الدین فرار کرد و به ساری رفت .

حاکم ساری بناچار حکومت سید علی را در آمل به رسمیت شناخت